A CEIC rege-se por um conjunto de princípios e valores éticos que orientam a sua ação e servem de referência ao processo de tomada de decisão no âmbito da actividade que desenvolve.

A CEIC tem-se pautado pelo respeito pela dignidade humana e pelos direitos dos participantes nos ensaios clínicos, a par com o sentido de responsabilidade social. Tem-se regido por padrões de elevada competência técnica, científica e humana, na promoção de um trabalho em equipa e um serviço de excelência, na procura constante de melhoria e comunicação com os diversos interlocutores da investigação clínica. A estes princípios somam-se valores que norteiam as actividades desta comissão, nomeadamente Independência, transparência, imparcialidade, integridade, isenção, confidencialidade, cordialidade e responsabilidade.